2016年无疑是植保无人机在中国最热闹的一年，其作业面积达到4000万亩，较2015年翻了一番。植保无人机领域已经出现极飞、亿航、羽人飞行器等龙头企业，消费级无人机领军企业大疆也发布了植保无人机，并介入飞行防护操作员培训领域，农业植保无人机的市场竞争逐步趋于白热化。尽管市场火热，但是整个行业在发展中的痛点没有消除。
产品技术不成熟，价格昂贵
目前，市面上超过90%的植保无人机续航时间短，没有自主化飞行能力，影响用户体验。8～15分钟的续航能力使得其在喷洒连片农田时需要频繁更换电池和加注农药，操作极其复杂，不仅作业效率低，而且对保障设备要求较高，例如充电、配药装备要求便携和易操作。植保队几乎一半的时间都浪费在充电、装药、调整设备上，影响作业效率。
除了无人机平台技术外，大多数无人机产品的喷洒水平较低，甚至都没有做过雾化效果和沉积率的实验研究。研究表明，一般施药机械喷洒的农药只有25%～50%能沉积在作物叶片上，不足1%的农药能沉积在靶标害虫上，只有不足0.03%的农药能起到杀虫作用。化学农药虽然高效，但使用手段低效，因此，企业在研发产品阶段必须综合考虑作业效果。
现阶段植保无人机不仅技术水平较低，价格也十分昂贵，动辄上万元、数十万元，投资额相当于中小型农场一年的化肥和农药采购费用。如果农场购买无人机运营，需3～5年才能收回成本。事实上，现阶段无人机农业植保作业企业除了吸引资本进驻外，主要通过与农村合作社签订服务协议获利，甚至通过农药商的回扣维持盈利。目前无人机植保仍然很难获得散户农民的认可，也不能激起专业化防治组织大量购买的欲望，主要原因是技术不成熟，作业效果不佳。
无人机植保“飞手”短缺
目前，所有专业化无人机防治组织遇到的最大困难就是聘不到足够的“飞手”，防治队伍极不稳定。表面原因是“飞手”辛苦一天，收入也就120元左右，与一般体力劳动者工钱差不多，还要冒着农药中毒危险，且作业季节又不长，不具备吸引力。但究其根本还是缺乏高效优质的施药机械，目前仅靠这些低工效的施药机械养不活那么多“飞手”。
此外，无人机植保“飞手”短缺还表现在其农业知识匮乏，技能水平不高。“飞手”对植保知识的欠缺会导致作业效果不佳，极有可能造成误喷、漏喷和多喷，造成病虫害蔓延或出现药剂超量反应。目前市场上许多成功的无人机植保企业都是从农药生产企业转型而来的，这在一定程度上说明“飞手”的农业知识与飞行技能同等重要。
政策支持力度较小
据统计，2016年国务院、国家发改委和民航局等部门共发布28项通航相关政策，给通用航空的发展带来前所未有的政策利好。
虽然无人机提高了农业生产的水平，但是至今农业部都没有明确鼓励政策以发展植保无人机。农业部相关专家分析，虽然无人机属于新兴技术，但它发挥的作用在整个农业领域微不足道，现阶段很难作为农业部重点扶持技术。在财政补贴方面，无人机植保作业的补贴仅在个别地区存在。除河南、湖南、福建将其纳入中央财政补贴外，其他省份都是小范围变通各种政策来进行补贴。